Em seu primeiro ato à frente de Guanambi, Magalhães publicou um decreto que foi alvo de críticas por confrontar a laicidade do Estado. Na decisão, o prefeito afirmou ter sido "designado por Deus" e estabeleceu que "todos os Principados e Potestades, governadores deste mundo tenebroso, e as forças espirituais do mal, nesta cidade, estarão sujeitas (sic) ao Senhor Jesus Cristo de Nazaré".
"Declaro que esta cidade pertence a Deus e que todos os setores da prefeitura municipal estarão sobre a cobertura do Altíssimo", diz o Decreto Nº 1, publicado no Diário Oficial de Guanambi na segunda-feira, 2, que finaliza: "E a minha palavra é irrevogável!". No dia seguinte, Magalhães voltou atrás e pediu desculpas.
Na nota, o prefeito nega ter ferido o princípio de laicidade do Estado e diz que "não teve como intenção causar nenhuma dissensão ou debate de cunho religioso". "A real intenção da publicação, diante do ambiente de intolerância e assustadora violência que atormenta as famílias e a sociedade, foi de apelar a todas as crenças, suplicando a mesma proteção de Deus, que é rogado na nossa Constituição", afirma o comunicado.
Também diz que respeita "todos os credos" e que "sempre defendeu e ajudou a aprovar por meio do seu voto, parcerias e projetos de interesse social, com as mais diversas entidades religiosas, ou não". Antes de assumir a prefeitura, Magalhães foi vereador e presidente da Câmara da cidade.
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