O peruano respondia à investigação por ter testado positivo para uso de benzoilecgonina, um metabólito da cocaína, em exame realizado depois do empate em 0 a 0 entre Argentina e Peru, em Buenos Aires, pela penúltima rodada das Eliminatórias Sul-Americanas para a Copa de 2018, no dia 5 de outubro. Por isso, foi suspenso preventivamente pela Fifa. A principal suspeita era justamente sobre o uso de cocaína, mas o atacante garantiu que esta possibilidade já foi descartada pela entidade
Por conta da punição, Guerrero ficou impedido de defender a seleção peruana nas duas partidas da repescagem da Copa do Mundo de 2018, diante da Nova Zelândia. Mesmo assim, o país garantiu vaga no Mundial, que será o primeiro do atacante em sua carreira.