Rio - A segunda passagem de Samuel pelo Fluminense durou muito pouco. Após retornar para o clube depois da Copa do Mundo, o jogador disputou uma partida pelo clube carioca, diante com o Santos e está novamente de saída por empréstimo. O atleta vai atuar pelo Goiás até o final do Brasileirão.
O retorno de Samuel ás Laranjeiras seria para suprir a ausência de Michael, que foi emprestado ao Cricíuma até o fim da temporada. Porém, com a permanência de Fred, o Tricolor autorizou que o o jovem atacante fosse mais uma vez emprestado.
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Em 2013, Samuel fez o gol que acabou salvando o Fluminense do rebaixamento no Brasileiro, em confronto diante do Bahia. O Tricolor terminou a competição entre os quatro últimos, mas com a punição à Portuguesa, escapou. No primeiro semestre, o atleta atuou no futebol dos Estados Unidos.
