O valor arrecadado com o concurso da Mega-Sena não vai integralmente para os apostadores. Segundo a Caixa Econômica Federal, 43,35% do valor movimentado com as apostas da Mega-Sena são destinados ao prêmio. Os outros 56,45% são repassados ao governo federal para investimentos nas áreas de saúde, segurança, cultura e esporte.