Após a queda do imperador, em 18 de junho de 1815, na famosa Batalha de Waterloo, Caetano Lopes de Moura permaneceu na Europa, retornou ao Brasil apenas em 1846, quando tinha 67 anos de idade. O médico perdeu prestígio e chegou a passar sérias necessidades, até que recebeu ajuda do imperador Dom Pedro II e recebeu uma pensão vitalícia do estado brasieliro. Ele morreu aos 81 anos.