Diferente das fronteiras com Paraguai e Uruguai, a maioria das cidades dessa região tem difícil acesso, sendo conectadas principalmente por vias fluviais e aéreas. Aqui estão as principais cidades fronteiriças:

Tabatinga (Brasil) / Letícia (Colômbia) Formam a fronteira mais movimentada entre os dois países, localizada no extremo oeste do Amazonas.

Letícia é a única cidade colombiana com saída para o Rio Amazonas, sendo um centro comercial e turístico. A fronteira é aberta, permitindo a livre circulação de pessoas e integração entre as duas cidades.

Vila Bittencourt (Brasil) / La Pedrera (Colômbia) Vila Bittencourt é um pequeno posto militar brasileiro às margens do Rio Japurá, essencial para a segurança da fronteira.

La Pedrera é um povoado colombiano com economia baseada na pesca, agricultura e comércio fluvial. A comunicação e os transportes entre as duas localidades dependem quase totalmente de barcos e pequenas embarcações.

Ipiranga (Brasil) / Tarapacá (Colômbia) Ipiranga é uma comunidade ribeirinha com população indígena predominante, mantendo forte ligação com a natureza.

Tarapacá foi um antigo posto militar colombiano e hoje é uma vila com comércio voltado para produtos da floresta. Ambas as localidades são acessíveis apenas por rio ou avião, sem estradas conectando-as a grandes centros urbanos.

Cucui (Brasil) / San Felipe (Colômbia) Cucui é um pequeno destacamento militar brasileiro localizado no Alto Rio Negro, próximo à fronteira com a Venezuela.

San Felipe é um povoado colombiano isolado, onde vivem populações indígenas e ribeirinhas. A região é coberta por floresta densa e tem pouca presença de infraestrutura urbana.

São Joaquim (Brasil) / Puerto Nariño (Colômbia) São Joaquim é uma pequena comunidade ribeirinha amazônica, próxima ao encontro do Rio Solimões com o Rio Amazonas.

Puerto Nariño é conhecida como a cidade sustentável da Amazônia colombiana, sem carros e com grande preservação ambiental. A economia local é baseada no turismo ecológico, pesca e artesanato indígena.

Palmares (Brasil) / La Chorrera (Colômbia) Palmares é uma localidade isolada no estado do Amazonas, acessível somente por via fluvial ou aérea.

La Chorrera é um centro de comunidades indígenas, sendo um dos principais assentamentos do povo Uitoto. A região tem pouca infraestrutura moderna, mantendo tradições ancestrais indígenas.

Santa Isabel do Rio Negro (Brasil) / Mitu (Colômbia) ? Região próxima à fronteira Santa Isabel do Rio Negro é uma cidade brasileira no Alto Rio Negro, com população majoritariamente indígena.

Mitu é a capital do departamento colombiano de Vaupés, sendo um importante centro administrativo da região. O acesso é difícil, sendo feito apenas por barco ou avião, já que não há estradas ligando essas localidades a outras cidades maiores.

A fronteira entre Brasil e Colômbia é menos urbanizada e mais natural, com grande presença indígena e forte influência dos rios na mobilidade e economia local.