Na vida pessoal, Shatner é casado desde 2001 com Elizabeth J. Martin, criadora de cavalos. Ele teve três filhas com sua primeira esposa Gloria Rand, com quem viveu de 1956 a 1969. Ao longo da vida, enfrentou tragédias pessoais, como a morte da terceira esposa, Nerine Kidd, em 1999, por aparente afogamento em sua residência.