Ao longo de sua história, Kaunos esteve sob o domínio de diversos povos e impérios, incluindo persas, gregos, romanos e, posteriormente, bizantinos.

Essa pluralidade cultural pode ser vista nas ruínas que sobreviveram ao tempo, como o teatro helenístico com vista para a antiga área portuária, as termas romanas e igrejas cristãs primitivas.

Com o passar dos séculos, o assoreamento do rio pelo transporte de sedimentos fez com que o mar recuasse, transformando a próspera cidade portuária em um assentamento isolado no interior.

Esse isolamento acabou levando ao seu abandono definitivo no século 15, mas permitiu que as suas ruínas fossem preservadas até hoje.