A história do município, relativamente recente, contrasta com a antiguidade dos registros rupestres. Alcinópolis começou a ser povoada na década de 1970, inicialmente com foco na educação rural, e foi emancipada em 1992, desmembrando-se de Coxim. Apesar da juventude administrativa, o território guarda vestígios que remontam a milhares de anos, tornando-se um elo entre o passado pré-histórico e o presente.