Na vida pessoal, é casado desde 1986 com Mônica Silva, com quem teve quatro filhos, Louis da Silva, Elisa da Silva, Maria Eduarda da Silva e Eduardo da Silva. Em 2015, Zeca Pagodinho perdeu um filho mais velho, Elias Gabriel, que morreu vítima de complicações pneumológicas. Ele era fruto de um relacionamento anterior do cantor.