Após o colapso da União Soviética, ele retornou à Rússia no início da década de 1990 em um período de forte turbulência política e econômica. A ascensão política de Putin ocorreu de forma rápida. Em Moscou, passou a ocupar cargos estratégicos no governo federal. Em 1998, tornou-se diretor do FSB, órgão sucessor da KGB. Pouco depois, foi nomeado primeiro-ministro pelo presidente Boris Yeltsin, em um momento em que a Rússia atravessava uma grave crise econômica e institucional.