A origem da receita remonta ao início do século 19, no Mosteiro dos Jerónimos, localizado no bairro de Belém, em Lisboa. Segundo a versão mais conhecida da história, os monges criaram a sobremesa para aproveitar as gemas que sobravam após a utilização das claras de ovos em diferentes atividades do convento, como a fabricação de hóstias e a engomagem de roupas. Dessa forma, nasceu uma receita que se tornaria um dos maiores símbolos da confeitaria portuguesa.

Com a extinção das ordens religiosas em Portugal, os monges precisaram abandonar o mosteiro. Nesse período, a receita foi repassada ao comerciante Domingos Rafael Alves, que iniciou a produção dos pastéis em sua refinaria de açúcar. Pouco tempo depois, a fabricação foi transferida para a Antiga Confeitaria de Belém, inaugurada em 1837. Até hoje, a receita original permanece sob sigilo e continua sendo produzida no mesmo local, atualmente conhecido como Casa Pastéis de Belém.

O sucesso da sobremesa atravessou gerações e fronteiras. Atualmente, o doce é considerado um dos maiores ícones da gastronomia portuguesa e atrai milhares de turistas todos os anos. Em 2011, o Pastel de Belém foi reconhecido como uma das Sete Maravilhas da Gastronomia de Portugal, sendo a única sobremesa presente na seleção.

Além de sua importância gastronômica, o Pastel de Belém também está cercado por tradições populares. Uma das mais conhecidas é o ditado português que diz: "Noiva que come pastel, não tira mais o anel". Por causa dessa crença, algumas recém-casadas mantêm o costume de saborear o doce no dia do casamento como símbolo de sorte e felicidade na vida a dois. Portanto, mais do que uma sobremesa, o Pastel de Belém representa um pedaço da história e da cultura de Portugal.