Na culinária, o jenipapo é bastante versátil. A polpa pode ser consumida in natura por quem gosta de seu sabor agridoce, mas o uso mais comum é na produção de licores, sucos, vinhos artesanais e geleias. Assim, para preparar um suco de jenipapo, basta retirar a polpa, adicionar água, açúcar a gosto e bater no liquidificador.

O processamento do jenipapo para conservas e licores exige alguns cuidados. Ao lidar com o suco do fruto verde, recomenda-se o uso de luvas, pois a mancha é extremamente difícil de remover da pele. Para a produção de licor, a polpa do fruto maduro é macerada com cachaça e açúcar por um período de pelo menos 30 dias. Algumas receitas incluem especiarias como cravo e canela para enriquecer o aroma.

Na medicina natural, o jenipapo também é bastante usado. As folhas, a casca e a polpa são empregadas em chás e infusões para tratar problemas respiratórios, inflamações, anemia e doenças de pele. Estudos científicos têm investigado os compostos bioativos presentes no fruto, como o geniposídeo e a genipoína, que demonstram propriedades anti-inflamatórias e antimicrobianas.