A montanha situa-se dentro do Parque Nacional do Pico da Neblina, unidade de conservação criada em 1979 para proteger uma extensa área de floresta amazônica ainda pouco alterada pela ação humana, reconhecida pela riqueza biológica e pela presença de espécies raras e endêmicas. O pico tem rica biodiversidade e ecossistemas únicos de floresta tropical e vegetação de altitude.

Mesmo atualmente, a visitação ocorre de forma controlada e exige autorização oficial e acompanhamento especializado, pois a subida até o cume envolve vários dias de deslocamento por rios e trilhas fechadas no interior da floresta. O governo brasileiro mantém regras estritas com o intuito de proteger o solo frágil e as espécies endêmicas que habitam as encostas.

As condições climáticas apresentam alta umidade nas áreas mais baixas e temperaturas relativamente mais frias nas partes elevadas, o que torna a expedição exigente do ponto de vista físico e logístico, especialmente por causa das chuvas frequentes.

Durante muito tempo, o Pico da Neblina permaneceu pouco conhecido fora da região amazônica, e apenas após levantamentos cartográficos mais precisos no século 20 sua altitude recebeu confirmação oficial, consolidando sua posição como o ponto culminante do território brasileiro.