Outro espaço bastante procurado é o Museu dos Instrumentos Musicais, integrado à Galleria dell'Accademia. A coleção reúne dezenas de peças históricas pertencentes, em grande parte, às antigas famílias governantes da Toscana, especialmente os Médici e os Lorena. Entre os exemplares estão violinos, cravos, violoncelos e outros instrumentos de corda fabricados por renomados luthiers italianos.