Apesar da decisão, produtores e pescadores contestam os critérios usados para incluir o tambaqui nessa lista. Segundo eles, os estudos consideraram apenas dados de áreas não protegidas, que representam cerca de 61% da distribuição do peixe. Na avaliação do setor, faltaram levantamentos em unidades de conservação e em terras indígenas, onde a espécie também está presente.