Apenas enxaguar a garrafa com água pode não ser suficiente para remover resíduos e o biofilme formado por microrganismos. A limpeza deve ser feita regularmente com água e detergente, utilizando uma escova para alcançar o fundo e outras áreas difíceis. Tampas, bicos, canudos e vedações também precisam ser desmontados, quando possível, e higienizados separadamente.