A data de nascimento de Bento IX é incerta. Batizado como Teofilatto de Túsculo, ele pertencia à poderosa família dos condes de Túsculo, de grande influência política e religiosa em Roma. Tornou-se o único homem a ocupar o papado em três períodos distintos.

No século XI, o papado estava profundamente ligado às disputas políticas e ao poder das famílias aristocráticas de Roma. Clãs influentes buscavam controlar a escolha dos pontífices para ampliar seu prestígio e influência. Nesse cenário, interesses políticos e econômicos frequentemente se misturavam às questões religiosas.

O pontificado de Bento IX ficou marcado por fortes controvérsias e acusações de corrupção e conduta considerada imoral. Relatos medievais, muitos escritos por seus adversários, apresentam uma imagem bastante negativa do papa. Sua família também foi acusada de usar o papado para ampliar poder, riqueza e influência em Roma.

Bento IX pertencia a uma poderosa família aristocrática, com grande influência em Roma e na Igreja. Seu antecessor, João XIX, também era seu tio, o que evidencia a força política de sua família. Há relatos medievais de que sua ascensão ao papado teria envolvido compra de apoio, embora essas acusações sejam difíceis de comprovar.

Bento IX foi acusado por adversários de abusos de poder e de manter uma vida considerada escandalosa. Em meio a revoltas, foi expulso de Roma e substituído por Silvestre III, mas recuperou o papado em 1045. Pouco depois, renunciou em favor de Giovanni Graziano, seu padrinho, que se tornou Gregório VI.

Em 1045, Bento IX retomou o papado após a expulsão de Silvestre III, mas renunciou pouco tempo depois. Algumas fontes medievais associam sua decisão ao desejo de se casar, embora a versão seja controversa. Ele não foi o primeiro papa a renunciar: outros pontífices já haviam deixado o cargo anteriormente.

Após renunciar, Bento IX voltou a reivindicar o papado, enquanto Gregório VI ocupava oficialmente o cargo e Silvestre III também mantinha sua pretensão ao trono. A disputa provocou uma situação inédita, com três homens reivindicando autoridade papal. A crise só seria resolvida com a intervenção do imperador Henrique III.

Em 1046, o rei Henrique III, que seria coroado imperador pouco depois, convocou o Concílio de Sutri para solucionar a crise. Gregório VI foi afastado e Silvestre III teve sua reivindicação rejeitada; Bento IX nem sequer compareceu. Em seguida, Clemente II foi escolhido como novo papa.

A crise envolvendo os três pretendentes ao papado terminou com a escolha de Clemente II, em 1046. Na época de Bento IX, ainda não existia o conclave nos moldes atuais, sistema que só seria desenvolvido posteriormente. Hoje, são os cardeais reunidos em conclave que elegem o papa, como ocorreu com Leão XIV em 2025.

Na época, a escolha dos papas sofria forte influência das elites romanas; o conclave só seria formalizado no século XIII, após sucessivas crises na eleição pontifícia. Bento IX ainda retomou o papado após a morte de Clemente II, mas foi expulso em 1048. Posteriormente, enfrentou acusações de simonia e teria sido excomungado, embora seu destino final seja incerto.

Os últimos anos da vida de Bento IX são pouco documentados, e a data de sua morte permanece incerta, sendo frequentemente situada por volta de 1055. Segundo a tradição, ele teria passado seus últimos anos na Abadia de Grottaferrata, perto de Roma. Também há relatos de que teria sido sepultado no local.