A votação começa com a identificação do eleitor pela mesa receptora, mediante apresentação de um documento oficial com foto. Quando disponível, a biometria também pode ser utilizada para confirmar a identidade do votante. Na cabine, o eleitor digita o número do candidato, confere a fotografia e os dados exibidos na tela e confirma o voto. Depois de concluída a votação para todos os cargos em disputa, a urna registra as escolhas de forma eletrônica, preservando o sigilo do voto.

As urnas eletrônicas funcionam sem conexão com a internet durante a preparação, a votação e a apuração. Antes da eleição, cada equipamento recebe os programas e os dados necessários para aquele pleito. Após o encerramento da votação, a urna imprime o Boletim de Urna, documento que informa a quantidade de votos obtida por cada partido e candidato naquela seção eleitoral. Esse boletim pode ser conferido por eleitores, fiscais de partidos, candidatos e pelo Ministério Público.

Os arquivos com os resultados são transmitidos posteriormente à Justiça Eleitoral por meios protegidos. Antes de serem incorporados à totalização nacional, passam por mecanismos de verificação baseados em assinaturas digitais e criptografia, que permitem confirmar a autenticidade e a integridade das informações. Caso qualquer alteração indevida seja detectada, o sistema rejeita automaticamente os arquivos, impedindo que dados modificados sejam computados.

A segurança do sistema também é reforçada por diferentes mecanismos de fiscalização e auditoria. O Tribunal Superior Eleitoral disponibiliza os códigos-fonte das urnas para inspeção de instituições fiscalizadoras, realiza testes públicos de segurança com especialistas e promove auditorias antes, durante e depois das eleições

Além disso, partidos políticos, Ministério Público, Ordem dos Advogados do Brasil e outras entidades credenciadas podem acompanhar diversas etapas do processo eleitoral.

Segundo o Tribunal Superior Eleitoral, a combinação entre equipamentos que operam sem acesso à internet, recursos de criptografia, assinaturas digitais, boletins públicos e procedimentos permanentes de auditoria busca garantir que os votos registrados correspondam exatamente ao resultado divulgado.

Utilizado por todo o eleitorado brasileiro desde 2000, o sistema de votação eletrônica tornou a apuração mais rápida e mantém mecanismos de transparência que permitem a fiscalização por diferentes instituições e pela sociedade.