A instituição do juiz de garantias encontra resistência de associações de magistrados. A Associação de Magistrados do Brasil e a Associação de Juízes Federais entraram com ações no Supremo Tribunal Federal contra a medida.
Sobre a possibilidade de reversão da lei criada pelo Congresso e sancionada pelo presidente Jair Bolsonaro, Toffoli disse. "Existe uma ação que vai ser decidida no Supremo Tribunal Federal e vai ser discutida posteriormente. O que o Conselho Nacional de Justiça tem que fazer no momento é dar os meios e o apoio aos tribunais para implementar aquilo que é um comando legal."
O presidente Bolsonaro recebeu aval de Toffoli a juiz de garantias.
Ele, que também é presidente do CNJ, falou que o órgão criou um grupo de trabalho para receber propostas de tribunais, magistrados, Procuradoria e Defensoria para "ver a melhor maneira de operacionalizar isto que foi uma lei aprovada pelo Parlamento brasileiro e sancionada pelo presidente da República"
Questionado sobre a reação de alguns Estados à criação do juiz de garantias, Toffoli comparou a medida à atuação do Departamento de Inquéritos da capital paulista.
Ele disse. "Em São Paulo, inclusive, já existe algo muito parecido com o juiz de garantias que é o Departamento de Inquéritos Policiais na capital, onde 13 juízes dão conta de 85 mil inquéritos em andamento."
O juiz de garantias foi sancionado pelo presidente Jair Bolsonaro no âmbito do pacote anticrime.
De acordo com a nova lei, toda persecução penal contará com dois magistrados: um dedicado à fase de investigação e outro à fase do processo judicial.
O ministro Sergio Moro (Justiça e Segurança Pública) também se posicionou contrário à criação do juiz de garantias. "Sempre me posicionei contra algumas inserções feitas pela Câmara no texto originário, como o juiz de garantias. Apesar disso, vamos em frente."