Dentre os vetos, Bolsonaro rejeitou trechos que tratavam da restrição ao uso de algemas, prisões em desconformidade com a lei, de constrangimento a presos e o que pune criminalmente quem desrespeitar prerrogativas de advogados. Há vetos também a dispositivos sobre perda do cargo como punição, obtenção de prova de forma ilegal, indução a pessoa para praticar infração penal com o fim de capturá-la, iniciar investigação sem justa causa e negar ao interessado acesso aos autos de investigação.
A aprovação na Câmara dos Deputados do projeto que endurece punição a juízes, procuradores e policiais, no dia 15 de agosto, provocou uma reação de parlamentares, entidades de classe e até do ministro Sergio Moro, que pressionaram Bolsonaro a vetar trechos do texto. A medida é vista como uma reação do mundo político à Operação Lava Jato, pois dá margem para criminalizar condutas adotadas na operação.