O CNPCT terá representantes do Executivo Federal; de conselhos de classe profissionais; e de representantes de movimentos sociais, fóruns, redes e entidades da sociedade civil com atuação na prevenção e combate à tortura e outros tratamentos ou penas cruéis, desumanos ou degradantes.
O Executivo Federal terá como representantes Maíra de Paula Barreto Miranda e Alexandre Magno Fernandes Moreira, pelo Ministério da Mulher, da Família e dos Direitos Humanos. Os conselhos de classe profissionais serão representados por Mayra Jardim Martins Cardozo.
Também integrarão o comitê Isabel Costa Lima e Daniela Alessandra Soares Fichino, pelo Justiça Global; e Wanglei de Santana São Pedro, pelo Francisco de Assis: Educação, Cidadania, Inclusão e Direitos Humanos – associação civil que é mantenedora da Educação e Cidadania de Afrodescendentes e Carentes.