Conforme o Ministério do Interior daquele país, os brasileiros entraram em confronto com presos da facção local Clã Rotela, em briga pelo comando da prisão. Autoridades de Assunção admitem que o PCC já controla grande parte do sistema penitenciário paraguaio.
No confronto, alguns presos foram enrolados em colchões e incendiados. A polícia negociou a entrada no presídio para socorrer feridos. Entre os mortos já identificados, todos tinham eram paraguaios e tinham entre 22 e 30 anos.
Conforme Villamayor, o massacre está relacionado ao assassinato de dois detentos, na sexta-feira, no presídio de Tacumbú, em Assunção. Na ocasião, membros do PCC executaram dois presos e deixaram outro ferido, durante 'batismo de sangue' realizado pela facção para admitir novos integrantes. As vítimas seriam do clã Rotela. Dois presos envolvidos nessas mortes foram transferidos para San Pedro e, ao encontrarem a facção rival, houve confronto.
Na noite de domingo, houve nova rebelião na Penitenciária de Tacumbú, onde Rotela estava preso. O traficante teria tentando amotinar seus seguidores para se vingar do massacre de membros do clã em San Pedro. O motim foi controlado e dois ficaram feridos.
Na manhã desta segunda, o ministro da Justiça, Julio Javier Ríos, anunciou a destituição do diretor do presídio de San Pedro, Wilfrido Quintana, e do diretor de Estabelecimentos Penitenciários, Blaz Martínez. Segundo ele, as primeiras apurações indicam que as recentes matanças em unidades prisionais do país podem ter acontecido por causa da negligência ou cumplicidade dos agentes penitenciários, com a omissão dos dirigentes.