Meriti deu origem ao gentílico de São João Batista de Meriti e vem dos índios Tupinambás, que falavam a língua Tupi ou Nheengatu. Possivelmente tem sua origem em buriti e miriti que são nomes que variam para designar a mesma palmeira nativa da Amazônia. Para o professor Faris Antônio S. Michaele, um dos mais autorizados tupinólogos do nosso tempo, “Buriti ou Miriti ou, ainda, Meriti, é a transformação do tupi Mbyrity, nome de palmeira de muita água”. Sob o ponto de vista etimológico, a palavra Meriti ou Miriti traduz-se também por rio pequeno, embora alguns tupinólogos insistam em falar da corruptela com “burity”.
Segundo o professor Sinvaldo do Nascimento Souza, o atual município de São João de Meriti, mantém a parte correspondente ao vocábulo de origem Tupi há mais de 400 anos, pois, segundo vários historiadores, já em 1568 Braz Cubas, o fundador de São Paulo recebeu como doação as terras daquela que seria a primitiva Sesmaria de Meriti.
No decorrer da história, até a fixação do atual nome o município seria conhecido também comoFreguesia de São João Batista de Traíraponga, Freguesia de Nossa Senhora da Conceição, Freguesia de Meriti, Freguesia de São João Batista de Meriti, Freguesia de São João de Meriti, Distrito de São João de Meriti e, finalmente, Município de São João de Meriti.
Já Nilópolis vem das terras da Fazenda São Mateus, que a partir de 1866 tinham como proprietários o Barão de Bonfim e depois Jerônimo José de Mesquita, que as negociou com João Alves Mirandela e Lázaro de Almeida. João Alves e Manuel Alves Mirandela desmatou a fazenda para loteamento e mandou elaborar uma planta da área pelo então engenheiro da Central do Brasil Teodomiro Gonçalves Ferreira. A cidade iria surgir das matas da fazenda. No mesmo local fundou o bloco do Progresso de São Matheus.
Nilópolis teve como presidente de honra do bloco o Dr. Nilo Peçanha, que aqui esteve duas vezes, com o pensamento voltado para obter os melhoramentos de que uma cidade carecia. A parada e estação chamava-se de Engenheiro Neiva, em homenagem a Lucas Soares Neiva, construtor da parada e plataforma dos trens. Em 1º de janeiro de 1921, o povo promoveu uma grande festividade e mudou o nome de Engenheiro Neiva para Nilópolis, em homenagem a Nilo Peçanha.
Pela Lei Estadual nº 6, de 11 de agosto de 1947, regulando o Artigo 6º do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias, promulgado em 20 de junho de 1947, os dois distritos passaram a constituir novos municípios com a denominação de São João de Meriti e Nilópolis.
