Entramos no verão carioca, período marcado no Rio de Janeiro por muitas chuvas e de altas temperaturas, ambiente propício para o criatório de insetos hospedeiros e transmissores de doenças chamadas palustres, provindas de águas paradas. Esta é uma marca da Baixada Fluminense. As epidemias sempre foram um grande problema nesta microrregião. Somente a evolução do conhecimento de suas causas e os meios de defesa permitiram ao homem superar essa adversidade através do saneamento, eliminando a formação de brejais, tornando as habitações higiênicas e consequentemente reduzindo o foco do elemento transmissor.
A baixada da Guanabara, no seu início de ocupação, os habitantes transformaram latifúndios em campos de criação e de plantio, atraindo para seu porto grandes atividades de comércio com produções de açúcar e aguardente, base econômica inicial do colonizador, graças à facilidade permanente do transporte por via fluvial e marítima.
No século 19 rios assoreados viravam focos de malária Divulgação
Segundo o professor Guilherme Peres, as primeiras grandes obras, visando o aproveitamento do solo para a lavoura e facilitar o escoamento das águas, foram empreendidas pelos jesuítas em Santa Cruz, na baixada de Sepetiba. Parte da fazenda situada quase ao nível do mar era constantemente inundada, dificultando o escoamento dos rios Guandu e Gandu-mirim, tornando-a depois do enxugamento ainda na primeira metade do século 18, o celeiro que também abastecia o Rio de Janeiro de mercadorias para a exportação.
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Com a expulsão dos jesuítas em 1759, a conservação tornou-se precária, voltando os campos a se alagar, favorecendo a proliferação das febres como malária, impaludismo, tifo, disenteria, entre outras, com graves consequências para a produção.
A presença da Corte em 1808 e depois com a Independência em 1822, a prosperidade alcançava o apogeu. Multiplicaram-se as moendas, alastraram-se os rebanhos, cresceram as lavouras. Freguesias humildes ascenderam à dignidade de vilas, transformando-se em locais de riquezas representadas pelo café, que desciam a serra do Mar no Lombo das tropas em busca de seu destino. Iguaçu, Estrela, Magé e Porto das Caixas.
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Entretanto, depois desse breve esplendor, a região chegou a primeira metade do século 19, envolvida num ciclo de insalubridade. As florestas restantes foram transformadas em lenha e carvão. Precipitações intensas na serra determinando grandes chuvas concorreram para a inundação da várzea, onde lençóis de vegetação aquática impediam as correntes retardando o escoamento. Com o leito do rio assoreado e a consequente diminuição das águas correntes, inundaram- os campos adjacentes ,transformando-se em focos de malária e impossibilitando seu aproveitamento agrícola.