Um apelo dramático feito em 1839 pelo presidente da Câmara ao governo provincial declarava que por falta de socorro, o surto endêmico de malária e outras doenças devastavam o município. A própria Câmara deixava de se reunir porque os vereadores haviam sido cometidos de febres e o próprio médico também estava grandemente enfermo.
Trazida pelos portugueses em 1855, a epidemia representada pela cólera morbos chegou à região do Rio Macacu, espalhando-se por toda a província. Multiplicaram-se os túmulos do cemitério local, já quase totalmente ocupado anteriormente pelas vítimas das febres, obrigando que os sepultamentos, se fizessem em terrenos pertencentes ao convento de São Boaventura, abandonado e já em princípio de ruínas.
Espalhando pelo o interior, a epidemia de cólera invadiu as vilas de comércio da Baixada Fluminense. Iguaçu, Jacutinga, Meriti, Estrela, Magé e Sto. Antônio de Sá tiveram seus movimentos comerciais reduzidos com essa tragédia atingindo no início quase que exclusivamente aos pretos, cabras, caboclos e pardos, em breve infectaria indiscriminadamente toda população.
Na Vila de Iguaçu, segundo o relatório apresentado à Assembleia Legislativa pelo presidente da Comissão Sanitária, Francisco de Paula Cândido, informava que um escravo empregado na cabotagem entre aquela Vila e a Corte, sentiu-se na altura da Ponta do Galeão, Ilha do Governador, as primeiras ameaças da cólera e foi morrer ao chegar à Vila (é certo que foi enterrado no Cemitério próximo a Igreja Matriz de Piedade). Outros companheiros foram em seguida afetados a epidemia espalhou-se em diferentes pontos.
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No mesmo relatório, Francisco relata ao ministro do Império em sua visita à Vila, descrevendo-a como um novo teatro de devastação. Difundia-se também a epidemia por Macacu, Magé, Marapicú, Jacutinga e Merity, especialmente nas fazendas da Cachoeira (Mesquita) e São Matheus (Nilópolis), ambas do Visconde de Bonfim.
No início de setembro de 1855, Bento Rodrigues Viana, fazendeiro da Vila, assiste um de seus escravos que se torce em dores com os olhos esbugalhados, ser atingido com o mal que se espalhava por toda a região. Os grandes casarões de sobrados, os armazéns alpendrados e o colorido das casas, já não são palco do rebuliço, da agitação nervosa, do estonteante comércio de Iguassú. Tudo é sossego, tudo é tristeza. De 11 a 24 daquele mês, 41 escravos morreram atacados de cólera-morbo, diz o professor Ruy Afrânio Peixoto em seu livro ‘Imagens Iguaçuanas’.