Após quatro anos, Jonathan não teve o contrato renovado com o Athletico Paranaense e está livre no mercado desde fevereiro. Assim, a contratação seria sem custos de transferência, com o Botafogo arcando apenas com os salários.
O clube de General Severiano já contratou um lateral-direito nesta janela - por coincidência, também um Jonathan, que chegou junto ao Coritiba. Os outros nomes da posição, Kevin, Federico Barrandeguy e Gustavo Cascardo, contudo, não passam total confiança internamente e o Alvinegro monitora o mercado em busca de mais opções para o setor.
Pelo Furacão, Jonathan disputou 127 partidas e marcou quatro gols, ganhando uma Copa do Brasil, uma Copa Sul-Americana e uma Copa Suruga. Ele também possui passagens por Fluminense, Inter de Milão-ITA, Parma-ITA e Cruzeiro.