A queda do Tricolor não foi à toa. Nesta temporada, mais uma vez, o clube carioca conviveu com lesões de seus principais jogadores, mas, neste ano, Fred não conseguiu voltar a tempo de ajudar como fez em 2009. Além disso, outros pecados mortais levaram o Flu à degola.
Lesões
Não foi apenas Fred que se lesionou. Além do artilheiro, que se machucou em agosto e ficou fora de todo o segundo turno do Brasileiro, o Tricolor também perdeu Carlinhos, que fazia uma das suas melhores temporadas pelo clube. Sem sua força pela esquerda e sem o seu principal jogador ficou complicado para o clube escapar da degola. Além deles, o departamento médico viveu cheio: Wellington Silva, Bruno, Valencia, Jean e Wagner foram alguns dos pacientes ao longo do ano.
Troca de treinadores
O primeiro semestre do Fluminense não foi o dos sonhos, mas ninguém imaginava que a equipe seria rebaixada para a Série B no fim do ano. Porém, após as eliminações no Carioca e na Libertadores, a diretoria não teve paciência e resolveu demitir Abel Braga, que comandava o clube por duas temporadas. Naquela ocasião, o Tricolor estava na zona de rebaixamento, mas o Brasileirão havia apenas começado. Abelão, após cinco derrotas seguidas, deixou o Fluminense e deu lugar a Vanderlei Luxemburgo. Depois de um começo promissor (oito jogos de invencibilidade), a equipe acabou não rendendo o esperado e a torcida foi perdendo a paciência com o comandante, que é assumidamente torcedor do Flamengo. No fim, uma indecisão da diretoria sobre a demissão ou não do treinador piorou ainda mais o clima envolvendo Luxa nas Laranjeiras. O técnico acabou demitido faltando apenas cinco rodadas para o fim do Brasileirão. No período em que esteve no Flu, Luxa dirigiu a equipe em 24 partidas. Ele teve um aproveitamento de 41,6%, com sete vitórias, nove empates e oito derrotas. No fim, Dorival assumiu e não evitou o rebaixamento tricolor.
Derrotas em clássico
O desempenho do Fluminense em clássicos no Brasileiro de 2013 foi terrível: foram cinco derrotas e apenas um empate, com o Botafogo. Ou seja, o clube somou apenas um ponto em 18 possíveis. E permitiu que Flamengo e Vasco, rivais diretos na briga contra a degola, somassem pontos.
Desempenho fraco no Maracanã
Bicampeão brasileiro na era do Engenhão, o Tricolor voltou à sua verdadeira casa em 2013. Porém, no Maior do Mundo, o desempenho do Fluminense não foi bom. Com a vitória sobre o Goiás, pela Copa do Brasil, a equipe atuou no estádio por 14 vezes. O Flu venceu seis partidas, empatou também por seis vezes e foi derrotado em outras quatro. No Brasileiro, o clube teve um aproveitamento de 46% dos pontos.
Saída de Wellington Nem, Deco e Thiago Neves
A equipe campeã brasileira do ano passado tinha sua força muito baseada no quarteto ofensivo tricolor: Deco, Thiago Neves, Wellington Nem e Fred. Além do artilheiro, que se lesionou na metade da competição, o Tricolor perdeu os outros três. Nem e Thiago Neves deixaram a equipe no começo da competição, um para o futebol ucraniano e o outro para o mundo árabe. Deco sofreu novamente com lesões, mas nesse ano teve outros impedimentos, como a suspensão por doping. Por conta desses problemas, o luso-brasileiro anunciou a sua aposentadoria.
Política conturbada
Mais uma vez a relação entre patrocinador e a diretoria do Fluminense não foi fácil. Após a queda na Libertadores, a saída de Abel era questão de tempo. Luxemburgo foi o substituto escolhido por Celso Barros, presidente da Unimed, mas não encontrou muito apoio de Peter Siemsen, mandatário do clube. Depois de uma passagem ruim pelo clube das Laranjeiras, o treinador foi demitido na reta final, depois de nova queda de braço entre clube e patrocinadora. Além deste caso, outro fator interno aumentou a crise no Fluminense. O vice de futebol Sandro Lima deixou o cargo no meio da competição após denúncias de que o dirigente, que não deveria ser remunerado, recebia um salário da Unimed.