O nome de Pacheco surgiu a partir de um relatório elaborado pelo Conselho de Controle de Atividades Financeiras (Coaf), durante a Operação Furna da Onça, um desdobramento da Lava Jato que prendeu parlamentares acusados de receberem propina durante a gestão do ex-governador do Rio, Sérgio Cabral.
O documento do Coaf apontou movimentações consideradas atípicas em contas bancárias de pelo menos 21 deputados do Rio, entre eles, Márcio Pacheco. Ainda de acordo com o relatório, nove assessores do deputado teriam movimentado juntos, cerca de R$ 25 milhões. O parlamentar foi denunciado ao órgão especial do Tribunal de Justiça do Rio de Janeiro (TJRJ), na segunda instância.
Em nota, o deputado Márcio Pacheco informou que "recebeu com indignação e estranheza, a informação vazada na imprensa sobre uma denúncia sigilosa do MP-RJ, ligando seu nome a uma suposta prática de peculato". Ainda segundo a nota, o deputado já teria comparecido, de forma espontânea, duas vezes ao Ministério Público, colocando inclusive, seu sigilo fiscal, bancário e telefônico, à disposição do órgão. Por fim, o texto diz que o deputado "confia na Justiça e nas instituições", e, que, "o contraditório esclarecerá nunca ter se beneficiado, apropriado ou consentido com o desvio de recurso público".
O senador Flávio Bolsonaro também é investigado pelo MP por participação no esquema de 'rachadinhas', prática que consiste no repasse de parte do salário do funcionário do gabinete aos deputados. De acordo com as investigações, o operador financeiro desse esquema seria o ex-assessor de Flávio, Fabrício Queiroz, preso recentemente.